Было одно предположение, что "Папки для сканирования" подтянулись из предыдущей версии, решил проверить, открыл одну из баз , удалил в этом окошке все папки, оставил, только нужные, создал задание, все получилось правильно.
Открываю другую базу, а там список папок из предыдущей базы, а не из...