Сделал как сказали, одна копия стоит в: C:\Program Files (x86)\RadioBOSS
Другая: C:\Program Files (x86)\RadioBOSS_Second
В первой сохранил все настройки в файл, загрузил их во вторую.
Вроде бы настройки разные в 2 копиях. Например задания планировщика, точки вещания, что-то еще может быть. Но...