Здравствуйте!
Да, для этого установите программу 2 раза в разные папки и соответствующим образом настройте. Единственное, у звуковых карт часто есть ограничение: в один момент можно записывать только с одного источника звука. Т.е. нужно будет писать или с двух разных карт.